Penyelengaran Sistem pengendalian internal pemerintah merupakan bagian dari penyelenggaraan manajemen risiko di tingkat pemerintah daerah . Dalam Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) dijelaskan bahwa SPIP adalah Sistem Pengendalian Intern yang diselenggarakan secara menyeluruh di lingkungan pemerintah pusat dan pemerintah daerah. Berkaitan dengan hal ini, Presiden selaku Kepala Pemerintahan mengatur dan menyelenggarakan sistem pengendalian intern di lingkungan pemerintahan secara menyeluruh. Sedangkan Bupati selaku pemegang kekuasaan pengelolaan keuangan daerah mengatur lebih lanjut dan meyelenggarakan sistem pengendalian intern di lingkungan pemerintah daerah yang dipimpinnya. SPIP bertujuan untuk memberikan keyakinan yang memadai terhadap empat hal, yaitu :
- Tercapainya efektivitas dan efisiensi pencapaian tujuan penyelenggaraan pemerintahan negara
- Keandalan pelaporan keuangan
- Pengamanan aset negara
- Ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan.
Tujuan tersebut mengisyaratkan bahwa jika dilaksanakan dengan baik dan benar, SPIP akan memberi jaminan dimana seluruh penyelenggara negara, mulai dari pimpinan hingga pegawai di instansi pemerintah, akan melaksanakan tugasnya dengan jujur dan taat pada peraturan. Akibatnya, tidak akan terjadi penyelewengan yang dapat menimbulkan kerugian negara. Ini dapat dibuktikan, misalnya, melalui laporan keuangan pemerintah yang andal dan mendapat predikat Wajar Tanpa Pengecualian dan Kinerja yang tinggi serta patuh pada peraturan.